Arrêt maladie en EHPAD public : le décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 change la donne pour les agents publics civils et militaires. Directeurs, IDEC et cadres RH doivent anticiper une entrée en vigueur échelonnée dès le 1er août 2026 pour le temps partiel thérapeutique et dès le 1er septembre 2026 pour les congés pour raisons de santé, avec des règles resserrées sur le contrôle des arrêts.
Ce que change le décret
Le décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026, publié au Journal officiel, modifie le régime des congés pour raisons de santé et du temps partiel thérapeutique dans les trois versants de la fonction publique, dont la fonction publique hospitalière qui encadre le personnel des EHPAD publics.
Le socle du congé de maladie ordinaire, lui, ne bouge pas : il reste plafonné à un an au cours d’une période de douze mois consécutifs, avec un maintien de 90 % du traitement indiciaire brut pendant trois mois puis de la moitié pendant les neuf mois suivants et un jour de carence non rémunéré à chaque arrêt, comme le rappelle la fiche officielle consacrée au congé de maladie du fonctionnaire.
Ce que le texte modifie concrètement pour les agents hospitaliers :
- L’avis d’arrêt de travail d’un agent hospitalier est désormais établi selon les modalités du régime général, prévues par les articles L. 162-4-1, R. 321-2 et R. 323-11-1 du code de la sécurité sociale, pour une durée encadrée par l’article R. 162-1-7-1 de ce code.
- L’employeur public peut faire réaliser le contrôle administratif de l’arrêt de travail par toute personne dûment habilitée, et l’absence injustifiée de l’agent à ce contrôle, ou son refus, interrompt le versement de sa rémunération jusqu’à la fin de l’arrêt.
- L’examen médical de contrôle d’un agent en congé de maladie, longue maladie ou longue durée peut désormais s’effectuer à distance, dans les conditions de télémédecine prévues par les articles R. 6316-2 à R. 6316-5 du code de la santé publique.
- En cas d’accident de service, d’accident de trajet ou de maladie professionnelle entraînant une incapacité temporaire, le certificat médical doit être accompagné de l’avis d’arrêt de travail établi selon les modalités de l’article R. 321-2 du code de la sécurité sociale.
Cette évolution s’inscrit dans une série de réformes structurantes du statut des agents hospitaliers ; l’équipe RH peut utilement la recroiser avec notre panorama des trois réformes de gestion des agents FPH depuis 2022.
Un calendrier d’entrée en vigueur échelonné
| Date | Ce qui change |
|---|---|
| 1er août 2026 | Entrée en vigueur des nouvelles règles de temps partiel thérapeutique, pour les autorisations accordées ou prolongées à compter de cette date. |
| 1er septembre 2026 | Entrée en vigueur des nouvelles règles sur les congés pour raisons de santé, pour les congés débutant ou prolongés à compter de cette date ; nouveau régime de maintien des majorations de rémunération outre-mer pendant un congé de longue maladie ou de grave maladie. |
| 1er janvier 2028 | Entrée en vigueur du dispositif de préparation de la reprise associant médecin agréé, médecin traitant et médecin du travail. |
Temps partiel thérapeutique : une procédure resserrée
Le temps partiel thérapeutique ne peut pas être accordé en-deçà du mi-temps : l’agent peut être autorisé à travailler à 50 %, 60 %, 70 %, 80 % ou 90 % d’un temps plein. Le décret confirme que cette autorisation reste accordée dans la limite d’une année, par périodes renouvelables de un à trois mois. La fiche service-public consacrée au temps partiel thérapeutique détaille ces quotités.
Sur les délais, le texte est précis : lorsque la demande de temps partiel thérapeutique fait suite à un congé de longue maladie, de longue durée, un congé pour invalidité temporaire imputable au service ou une disponibilité pour raison de santé, l’employeur doit statuer au plus tard le jour de la reprise du travail ; dans les autres cas, il dispose d’un délai de trente jours à compter de la réception de la demande.
L’employeur peut faire examiner l’agent par un médecin agréé dès réception de la demande, et une absence injustifiée à cet examen vaut désistement de la demande.
Tout refus, initial ou de renouvellement, ainsi que toute interruption du temps partiel thérapeutique décidée par l’employeur, doit désormais être motivé. Lorsque ce refus ou cette interruption repose sur un motif tiré de la continuité du service, il doit être précédé d’un entretien avec l’agent, qui peut se faire assister par une personne de son choix. Lorsqu’il repose sur un motif médical, il ne peut intervenir sans l’avis préalable du médecin agréé.
Les conclusions du médecin agréé peuvent être contestées devant le conseil médical siégeant en formation restreinte, et l’autorisation de temps partiel thérapeutique en cours est prolongée jusqu’à ce que le conseil médical se soit prononcé.
Mise en perspective
Ce resserrement intervient alors que l’absentéisme reste un sujet sensible dans la fonction publique. Une revue de dépenses de l’IGAS et de l’IGF chiffre à 14,5 jours d’absence par agent en 2022 dans la fonction publique, contre 11,7 jours dans le secteur privé, un écart régulièrement mis en avant pour justifier un contrôle renforcé des arrêts. Ce rapport est consultable sur le site de l’IGAS.
Côté rémunération, un agent de la fonction publique hospitalière perçoit en moyenne 2 896 euros nets par mois en équivalent temps plein selon les données DREES sur les salaires 2024. Dans un secteur déjà marqué par la tension sur les effectifs, chaque absence non anticipée pèse sur l’organisation des soins et alimente le recours à l’intérim, un sujet que nous avons détaillé après l’annulation par le Conseil d’État de quatre volets du plafonnement de l’intérim en EHPAD.
Le lien entre absentéisme et épuisement professionnel n’est pas nouveau : notre article sur la rotation du personnel et l’épuisement professionnel en EHPAD montre à quel point la continuité des soins dépend d’une gestion fine des remplacements. C’est précisément ce que le décret entend sécuriser côté procédure, sans modifier la durée maximale de prescription des arrêts de travail des agents publics.
Pour un établissement public, ce contexte se traduit très concrètement par des arbitrages de terrain : quel binôme mobiliser un dimanche matin quand une aide-soignante transmet son avis d’arrêt de travail à la dernière minute, comment sécuriser la continuité de la toilette et des repas sans multiplier les heures supplémentaires, et comment éviter qu’un temps partiel thérapeutique mal anticipé ne se traduise par un trou de planning non couvert. Le décret ne résout pas ces tensions d’organisation, mais il donne aux équipes RH un cadre procédural plus lisible pour les traiter, avec des délais de décision et des motivations écrites qui limitent l’incertitude côté employeur comme côté agent.
Ce que cela change pour vous
Directeur d’EHPAD
En tant que directeur, votre rôle est de sécuriser la procédure côté employeur : formalisez un circuit de motivation écrite pour chaque refus ou interruption de temps partiel thérapeutique, et prévoyez l’entretien préalable dès qu’un motif de continuité de service est invoqué. Ce cadrage juridique s’ajoute aux responsabilités déjà décrites dans notre fiche métier du directeur d’EHPAD, qui reste la référence sur le périmètre RH du poste.
IDEC
Pour vous, l’enjeu est d’anticiper le suivi des arrêts de vos IDE et aides-soignantes : vérifiez la transmission des avis d’arrêt de travail, organisez le contrôle administratif quand il est demandé, et informez les agents que le contrôle médical peut désormais se dérouler à distance. Ce suivi individuel s’articule avec les obligations de santé au travail rappelées dans notre article sur la loi Neuder et le dépistage cardiovasculaire en EHPAD.
Cadre RH / gestionnaire de plannings
Côté plannings, la limite d’un an du temps partiel thérapeutique et ses périodes renouvelables de un à trois mois imposent un suivi calendaire serré, agent par agent. Ce travail de replanification rejoint les arbitrages déjà documentés dans notre comparatif roulement 2/2/3 contre planning fixe en EHPAD, à mettre en regard des autres évolutions récentes du cadre légal des plannings, comme le congé de naissance et son impact sur les plannings, et gagne à être intégré à une réflexion plus large sur la qualité de vie au travail en EHPAD pour limiter le recours répété aux arrêts.
Questions fréquentes
Quand les nouvelles règles s’appliquent-elles dans les EHPAD publics ?
Le temps partiel thérapeutique devient-il plus difficile à obtenir en EHPAD public ?
Un agent peut-il refuser le contrôle administratif de son arrêt de travail ?
